Teorie sulla genesi del Lago Baratz sono state presentate da Montaldo (1954) e da Cottiglia (1969), i quali formulano ipotesi parzialmente differenti.

Secondo Montaldo (1954), la zona dell'attuale lago era una volta sommersa delle acque marine e costituiva un'insenatura paragonabile alla forma dell'attuale Porto Conte, a cui forse era in qualche modo unito. L'emersione di tale zona é stata conseguenza di un sollevamento in epoca geologica, a seguito del quale la duna che confina con il lago è stata originata da una barriera di spiaggia o cordone litoraneo sottomarino, alimentato dal trasporto solido delle valli fluviali e delle correnti marine. Cottiglia (1969) pone in dubbio l'ipotesi di Montaldo (1954), concludendo che, pur non escludendo che un ridottissimo nucleo della duna sia di origine marina (o quantomeno di ambiente salmastro), la duna deve essere attribuita in massima parte al trasporto eolico.

Informazioni sull'evoluzione dell'area del Lago Baratz e del suo utilizzo, negli ultimi secoli, sono estremamente scarse e quasi tutte di fonte orale, se non a partire dal secondo dopoguerra, quando fu avviata la bonifica della zona.

Da verifiche con i residenti, si è accertato che il bacino di Baratz era già popolato nello scorso secolo (quantomeno nella parte terminale), forse anche in connessione con lo sviluppo dell'adiacente zona mineraria dell'Argentiera. È accertata, anche, l'esistenza, fin dall'epoca, di una attività agricola, nonché di allevamento, con dimensioni, in particolare già nella prima metà di questo secolo, probabilmente non molto dissimili da quelle attuali.

La bonifica agraria della zona è stata avviata nel secondo dopoguerra. Essa ha interessato essenzialmente i terreni pianeggianti alle quote più basse, che rientrano marginalmente nel bacino del lago, ed ha, quindi, avuto, da tale punto di vista, un impatto modesto sugli equilibri del lago. Assai più rilevante, invece, è stato l'impatto della bonifica agraria in relazione all'utilizzo delle acque per uso irriguo.

La possibilità di utilizzo delle acque del Lago Baratz per irrigazione è estesamente discussa da Montaldo (1954), che indicava una potenzialità di approvvigionamento (conservando adeguati livelli lacustri) dell'ordine di 500 mila - un milione di metri cubi per anno, senza interventi di incremento della capacità idrica, e dell'ordine di 4 - 5 milioni di metri cubi per anno, con alcuni interventi (impermeabilizzazione del fondo e diversione nel lago del Rio Cuili Puddighinu). La discussione riportata testimonia che all'epoca nessun intervento di prelievo idrico era noto e/o in corso, poiché sarebbe stato altrimenti menzionato.

Le informazioni disponibili sui prelievi idrici dal Lago Baratz sono approssimate e di carattere qualitativo.

Cottiglia (1969) riporta che, durante i rilievi da lui eseguiti sul lago nel periodo 1964-68, era in funzione un'idrovora a scopi irrigui, ma non ne specifica le caratteristiche. L'Autore non evidenzia alcun rilevante effetto generale di tale attività sulle caratteristiche del lago, ma attribuisce ad essa un contributo nella discesa dei livelli, dai valori di piena del 1964 (profondità massima 13.8 metri) ai valori tipici del 1968 (profondità massima 10.8 metri).

L'insieme dei lavori riconducibili all'Università di Sassari situa tali prelievi tra gli anni '60 e la metà degli anni '70, ma non permette di ricavare elementi quantitativi di tale sfruttamento. Appare certo che esso condusse ad un abbassamento del livello del lago, particolarmente rilevante negli anni 1975 e 1976, cosicché a partire da tale data esso fu sospeso (Luglio, 1986) o fortemente limitato (Sechi e Cossu, 1980), per cessare, probabilmente, poco dopo. Il documentario preparato dal Comune di Sassari quantifica tali prelievi in 600-800 milioni di metri cubi per anno (trattasi chiaramente di un refuso, intendendosi, probabilmente, 600-800 mila, in linea con le quantità previste da Montaldo) ed indica una profondità minima raggiunta dal lago pari a circa cinque metri. In colloqui con tecnici che hanno operato nelle attività di prelievo, sono stati menzionati prelievi da idrovora
su pontone, con portate dell'ordine dei 30-40 Litri al secondo, effettuati negli anni 1948-53 (tale datazione appare scarsamente credibile, alla luce dei contenuti del lavoro di Montaldo, 1954, mentre le modalità concordano con quanto riferito da Cottiglia, 1969). Sono stati chiaramente rinvenuti i resti di parte di opere, probabilmente di collettamento delle acque lacustri destinate ad uso irriguo.

Alla luce degli elementi sopra riepilogati si può ritenere che:

	lo sfruttamento irriguo del Lago Baratz sia avvenuto principalmente (o esclusivamente?) tra gli anni '60 e la metà degli anni '70, probabilmente mediante una idrovora, collegata alle opere di collettamento di cui sono stati rinvenuti i resti;
	L'entità dello sfruttamento irriguo sia probabilmente stimabile tra 500 mila e un milione di metri cubi per anno;
	lo sfruttamento irriguo degli anni'60-'70 abbia determinato un abbassamento del lago fino a profondità dell'ordine dei cinque metri;
	gli effetti dello sfruttamento irriguo, in termini di livelli del lago, siano stati riassorbiti nel giro di pochi anni dalla sua sospensione.

Alcune informazioni indirette sulla storia recente del Lago Baratz sono desumibili da uno studio relativo ai sedimenti, svolto da Luglio (1984 e 1986). Oggetto dello studio é stata un carota di lunghezza di circa mezzo metro prelevata nel Dicembre 1983 in una zona con una profondità d'acqua, all'epoca, di circa quattro metri (poiché la profondità massima allora dovrebbe essere stata dell'ordine dei 10 metri, tale prelievo é probabilmente localizzabile entro la batimetrica di un metro relativa al rilievo del Luglio 1995). Pur con molte incertezze, la carota viene considerata rappresentativa di un periodo di almeno 100 anni (forse fino a circa 150). Le principali conclusioni che sembrerebbero emergere dall'analisi sedimentologica di tale carota sono (Luglio, 1984):

	il terzo inferiore (ipoteticamente corrispondente, in via approssimata, alla fine del secolo scorso) sembrerebbe indicare un'epoca in cui nella zona di prelievo della carota si alternavano periodi di inondazione e periodi di secca (la profondità massima del lago avrebbe dovuto oscillare intorno a 5-6 metri o poco più);
	il lago parrebbe essere sempre stato eutrofico nell'arco temporale rappresentato dalla carota;
	risulta probabilmente traccia (soprattutto in un rilevante abbassamento del numero delle specie di Diatomeae) del fenomeno di abbassamento del lago avvenuto a metà degli anni '70, mentre non compaiono altre similari anomalie nei due terzi superiori della carota (ipoteticamente corrispondenti, in via approssimata, all'attuale secolo).

Al fine della stima del rateo di sedimentazione annua per il lago, sono attualmente in corso di esecuzione delle analisi radiometriche su campioni "indisturbati" dei sedimenti superficiali del lago. Tali analisi hanno lo scopo di identificare la distanza, nel profilo stratigrafico prelevato con un apposito campionatore a parete sottile ed a chiusura meccanica, di eventuali livelli di sedimento con picchi di radioattività riconducibili a ben specifici eventi esterni al lago, ricollocabili in periodi di tempo precisi nel passato.

In particolare, in corrispondenza del punto di massima profondità del lago, in data 8 Gennaio 1997, sono state prelevate 5 carote di sedimento da sottoporre ad analisi radiometriche (1 carota) ed a test di cessione (4 carote) (Paragrafo 7.2). Per il campionamento è stato utilizzato un carotatore Jenkin, con tubi di plexiglas di 50 cm di lunghezza e 7 cm di diametro, che permette di minimizzare il disturbo in fase di prelievo dei sedimenti e di campionare contemporaneamente l'acqua del lago immediatamente a contatto con il fondo del lago.